小通草和大通草主要区别在植物来源、药物性状以及药物功效等多方面。

、植物来源：小通草来源于旌节花科植物喜马山旌节花中国旌节花或者是山茱萸科植物青荚叶干燥茎髓，大通草则来源于五加科植物通脱木干燥茎髓。

2、药物性状：小通草和大通草都属于圆柱形，而小通草的直径则在0.4~厘米，属于实心，大通草的直径则在一厘米到2.5厘米，属于空心。

3、药物功效：大通草临床多用于通经下乳，适用于产后乳汁不通，而小通草则没有明显通乳作用，多用于利尿通淋。

除上述区别以外，小通草和大通草的价格也有一些差异。